O filme apresenta Liu Kang, Johnny Cage e Sonya Blade – os três personagens principais do filme – que viajam em um barco misterioso para uma batalha no torneio Mortal Kombat. No caminho eles encontram Raiden, que lhes fornece algumas dicas sobre como sobreviver no torneio e derrotar Shang Tsung e seu exército de seguidores. Ao chegar à ilha onde a batalha se realiza, Raiden reconta as origens de Shang Tsung e Goro, entre cenas de luta.