Muitas vezes, as pessoas ficam mais vulneráveis quando estão sozinhas e não conseguem se dar bem com as pessoas ao seu redor. O isolamento é sentido mais intensamente entre a multidão, então alguns tentarão encontrar consolo nos lugares mais estranhos, onde o desconhecido se esconde. Essas pessoas incluem Ayumu Aizawa, um menino da cidade que agora mora na cidade interiorana de Tana, e Kisa Tanigawa, uma jovem que tem dificuldade em se relacionar com os outros. O que esses dois têm em comum é a sensação de que suas vidas se perderam… Zettai Shounen conta uma história de fenômenos estranhos que afetam dois cenários diferentes, sem nenhuma explicação de sua origem ou aparecimento repentino. Tudo o que se sabe é que esses fenômenos parecem se concentrar em indivíduos com emoções confusas em relação a si próprios e aos outros.