Um menino chamado Jiro encontra sua mãe e irmã assassinadas em sua casa. Falsamente acusado do crime, ele foge de sua aldeia e conhece um sacerdote chamado Tenkai, que o faz matar um ninja desonesto chamado Tarouza. Após cumprir essa tarefa, Jiro passa por treinamento para se tornar um mestre assassino. Muitos anos depois, Jiro descobre que era órfão e que seu verdadeiro pai era Tarouza, que havia trabalhado para Tenkai até abortar sua missão ao se apaixonar por uma mulher Ainu. O jovem ninja descobre que o Xogunato deveria recuperar o tesouro perdido do Capitão Kidd e usá-lo para isolar mais uma vez o Japão do resto do mundo. Usando as pistas que Tarouza manteve em segredo, Jiro – junto com a ninja Oyuki e um escravo chamado Sam – viaja para a Rússia e a América em busca do tesouro na esperança de usá-lo para se vingar de Tenkai.