Citadel se passa na cidade de Edenstown e relata a história de Tommy Cowley,um jovem pai viúvo, que sofre de agorafobia (fobia de lugares abertos e multidões) desde que não pôde socorrer sua esposa de um ataque fatal.
Este ataque foi feito por crianças selvagens escondidas atrás de capuzes,que conseguem ver e sentir o medo nos adultos,e os atacam com agulhas infectadas para contaminá-los e em seguida raptam as crianças pequenas para integrá-las em seu grupo.
Buscando salvar seus filhos e com a ajuda de uma dócil enfermeira e de um padre renegado, Tommy aprende a cruel verdade sobre estas selvagens crianças.Aprende também que para superar os seus medos ele deve finalmente enfrentar os demônios de seu passado e entrar no lugar que ele mais teme: o conjunto de torres abandonas conhecidas como Citadel.