A Organização Black Ghost captura 9 pessoas pelo mundo e as transforma em ciborgues (humanos com partes de robôs). Entre eles está Joe Shimamura, um habilidoso piloto japonês, que se torna o Cyborg 009, o mais forte de todos. Com a ajuda do Professor Gilmore, os ciborgues fogem das garras da Organização e lutam para acabar com seus planos malignos.