A história segue Matou Sakura, a irmã mais nova de Tohsaka Rin, que quando jovem foi adotada pela família Matou. Assim, ela teve que passar por um torturante treinamento para desenvolver seus poderes mágicos. Sakura não deveria se envolver na Guerra do Santo Graal, mas devido ao seu envolvimento romântico com Shirou, sua mente quebra e ela fica louca. Sakura se torna uma líder da Guerra do Santo Graal e força Shirou em um Destino Cruel.