Jodhaa Akbar conta a história de uma aliança entre duas culturas e religiões, onde o Imperador muçulmano Jalaluddin Mohammad Akbar, casa-se com a jovem e destemida Jodhaa, filha do Rei hindu Bharmal de Amer. Um romance épico do século 16, que parte dos campos de batalha onde o jovem Jalaluddin, é coroado, passando pelas conquistas que lhe deram o título de Akbar, o Grande. Em seus esforços para fortalecer suas relações com os hindus, Akbar, aceita desposar a bela e desafiante Jodhaa, sem saber que vai por sua vez embarcar numa nova jornada – a jornada do amor verdadeiro.