As shobijin (termo japonês para “belas pequeninas”, também são conhecidas como fadas gêmeas) são raptadas de sua ilha por um inescrupuloso bandido, que vê nelas suas chances de enriquecer. Enquanto isso surge à larva de Mothra que segue para o Japão para tentar resgatar as duas Subujins. Na procura pelas pequeninas Mothra devasta o Japão, causando destruição e pânico.