Tudo começa com o extermínio da população da vila Shimoda, aparentemente dizimada por uma peste fulminante. Alguns membros da elite suspeitam que a peste possa ter sido causada de propósito e, por esta razão, a equipe Ninja Koga é recrutada para investigar o problema e descobrir o que realmente aconteceu na Vila Shimoda. Durante esta investigação, um encontro com sanguinários e demoníacos assassinos causa um verdadeiro massacre entre os membros da equipe Koga. Enquanto isto, o protagonista da história, o ninja mercenário Jubei Kibagami, acaba de cumprir com sucesso mais uma de suas missões. Após se perder durante a viagem, Jubei resolve pedir informações a um indivíduo nada amigável e de aparência assustadora. Os eventos que se seguem envolvem Jubei em uma trama que atinge os mais altos escalões do poder japonês, à época em que o Xogunato Tokugawa acabara de se instalar no país.