Em 1944, na Espanha, a jovem Ofélia e sua mãe doente chegam ao posto do novo marido de sua mãe, um sádico oficial do exército que está tentando reprimir uma guerrilheira. Enquanto explorava um labirinto antigo, Ofélia encontra o Pan fauno, que diz que a menina é uma lendária princesa perdida e que ela precisa completar três tarefas perigosas a fim de se tornar imortal.