Os pinguins de Madagascar estão de volta em seu primeiro especial de natal. O zoológico está fechado na véspera da data mais aguardada do ano e os pinguins estão numa missão muito festiva, de comemorar o natal dos pequenos habitantes do zoo. Mas quando tudo se torna um caos, o Capitão se dá conta de que só quem pode ajudá-los é o Papai Noel… Mas será que eles vão conseguir encontrá-lo antes que seja tarde demais?