Nos primeiros anos do século XIX, em meio ao radicalismo da Inquisição e à iminente invasão da Espanha pelas tropas de Napoleão Bonaparte (Craig Stevenson), o gênio artístico do pintor espanhol Francisco Goya (Stellan Skarsgård) é reconhecido na corte do Rei Carlos IV (Randy Quaid). Inés (Natalie Portman), a jovem modelo e musa do pintor, é presa sob a falsa acusação de heresia. Nem as intervenções do influente Frei Lorenzo (Javier Bardem), também retratado por Goya, conseguem evitar que ela seja brutalmente torturada nos porões da Igreja. Estes personagens e os horrores da guerra, com os seus fantasmas, alimentam a pintura de Goya, testemunha atormentada de uma época turbulenta.