Começou em 1945, no fim da Guerra do Pacífico. Invasores alienígenas infestaram o céu terrestre, e a humanidade foi forçada a combater uma ameaça sem precedentes. Pela primeira vez na história da humanidade, pessoas de todas as culturas se uniram sobre uma única bandeira. Essa guerra já dura mais de 50 anos. Incontáveis vidas foram perdidas, e o exército japonês é agora forçado a contar com jovens pessoas como Atsushi Hayami e sua sala de ensino médio, também conhecida como Unidade 5121. Essa nova geração luta destemidamente com a ajuda das HWT (Máquinas Humanóides de Combate, “Humanoid Combat Machines”) e a devastadora bomba PBE.